По своей сути, заповедники, как особо охраняемые природные территории, полностью изымаются из всех видов пользования, включая рекреационное.

Заповедник «Столбы» является уникальным исключением из общего правила. Из-за исторически сложившейся традиции посещения скального района заповедника, была создана наиболее оптимальная схема зонирования всей его территории.

Вся территория заповедника разделена на 3 части с разным режимом охраны. Наиболее посещаемая и знакомая для туристов зона – это туристско-экскурсионный район, занимающий не более 3% всего заповедника. Он открыт для свободного посещения с условием соблюдения Правил, регулирующих нормы поведения и отношения туристов на особо охраняемой природной территории. Основная рекреационная нагрузка выражена в массовом посещении Центральных Столбов (около 200 тыс. туристов в год).

Большая часть заповедника (90% площади) – закрытая для посещения зона полной заповедности. Доступ в неё разрешен только сотрудникам заповедника, для выполнения природоохранных и научно-исследовательских работ.

Между двумя этими зонами выделена третья – буферная зона (около 7%) с ограниченным доступом, регулирующимся специальным разрешением администрации заповедника. В остальном режим буферной зоны соответствует режиму строгой заповедности.

В целях улучшения экологической обстановки в заповеднике, уменьшения отрицательного воздействия антропогенной деятельности на охраняемые природные комплексы, воспроизводства видов растений и животных с сокращающейся численностью, выполнения экспериментальных научно-исследовательских работ, недопустимых на территории самого заповедника "Столбы" вокруг него (по всему периметру) установлена охранная зона шириной около 2 км с особым режимом природопользования.